Алексей Самаркин родился в селе Луцкое Комсомольского района Чувашии. В 1998 году окончил Чувашскую государственную сельскохозяйственную академию по специальности «Агрономия». Дважды проходил повышение квалификации в филиале ГОУ ВПО Волго-Вятская академия государственной службы в Чебоксарах. В 2007 году прошел стажировку в Берлинском Центре образования по специальности «Менеджмент сельского хозяйства». С апреля 2010 года и до 30 сентября 2014 года возглавлял «Продовольственный фонд Чувашской Республики», с октября 2014 года - заместитель министра сельского хозяйства Чувашии.