Судя по описанию, ваши посадки поражаются луковой мухой. Она является одним из самых опасных вредителей лука. Встречается это насекомое повсеместно. Зимуют куколки в ложном коконе на глубине
10-20 см. Вылет мух в средней полосе наблюдается в середине мая и совпадает с цветением вишни и одуванчика.
Самка откладывает яйца между листьями лука и около растений под комочками почвы. Личинки выходят через
3-8 дней и сразу же вбуравливаются в сочную ткань луковицы, чаще всего через основание листьев или со стороны донца. Поврежденные растения обычно загнивают, листья увядают и желтеют, лук легко выдергивается. Развитие личинок продолжается 2-3 недели, после этого они уходят в землю на окукливание.
Первое поколение вредит в июне, второе — в конце июля.
Меры борьбы: чередование культур, размещение посадок как можно дальше от того места, где лук выращивался в прошлом году, либо вблизи посевов моркови. Сеять его рано, чтобы ко времени вылета мух луковички окрепли. Мульчировать посевы торфом: луковая муха избегает торфяных почв. Посыпать почву вдоль рядков веществами, обладающими сильным запахом, отпугивающим мух: нафталином в смеси с песком (1:1), табачной или махорочной пылью либо в чистом виде, либо пополам с известью или золой (1-2 кг на
10 кв. м). Проводят 1-2 опыливания против каждого поколения мухи во время ее лёта и яйцекладки.
Следует периодически осматривать посадки и уничтожать поврежденные растения. Удалять послеуборочные остатки, осенью глубоко перекопать почву с заделкой верхнего слоя. Можно также перед посевом опудривать севок фентиурамом, однако нельзя обрабатывать химическими препаратами лук, выращиваемый на зеленое перо.